LABORATOIRE D’EXTRACTION ARN et ADN

- Méthodes sur colonne

- Méthodes au phénol

SPECTROPHOTOMÈTRE NanoDrop 2000 ® (Thermofisher Scientific) :

 Quantification et contrôle de pureté par mesure d’absorbance

 Mesure sur le spectre UV-visible (190-1100 nm)

 Lecture sur microvolumes (1-2 µl)

SPECTROPHOTOMÈTRE - FLUORIMÈTRE Xenius ® (Safas)

 Quantification et contrôle de pureté par mesure d’absorbance et de fluorescence

 Mesure sur le spectre UV-visible (240-1000 nm)

 Lecture sur microvolumes (1-2 µl) avec la µDrop plate ®

 Lecture en microplaques 96 puits

ÉLECTROPHORÈSE MICROFLUIDIQUE SUR PUCE : Bioanalyzer 2100 ® (Agilent Technologies) :

 Contrôle d’intégrité de l’ARN

 Profil de tailles moléculaires (ARN, ADN, protéines)

 Détection en fluorescence (excitation 630 nm / détection 680 nm)

CHAINE EXPÉRIMENTALE MICROARRAYS AGILENT

Four à hybridation rotative G2545A Agilent



 Rotor 4 à 20 rpm

 Capacité 24 chambres d’hybridation






Scanner pour microarrays G2565CA Agilent

 Accès mutualisé sur la plateforme @BRIDGE (Inrae, Jouy-en-Josas)

 Lasers 532 et 633 nm

 Résolution 3 µm


SÉQUENCAGE NGS


 Préparation des librairies sur ACTAGen

 Séquençage par plateforme extérieure

 Analyse des données par ACTAGen et BIOINFO

PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL :

Thermocycleurs de qPCR CFX96® et CFX384® (Bio-Rad)

 2 instruments 96 puits et 1 instrument 384 puits

 Gradient de température

 6 canaux de détection :
5 couleurs pour sondes PCR et 1 canal FRET pour thermal shift de fluorescence (TSA, analyse de thermostabilité des protéines)

Automate de pipetage EpMotion 5073M® (Eppendorf)

 3 têtes de pipetage : Mono 1-50 µl et 40-1000 µl - Multi X8 1-50 µl

 Fonction Thermomixer pour extraction d’ADN ou ARN sur billes magnétiques








PCR DIGITALE :

Thermocycleur de PCR digitale QIAcuity One 5-plex® (Qiagen)

 plaques 8, 24 ou 96 puits à 26000 (8, 24 puits) ou 8500 partitions (24, 96 puits)

 5 canaux de détection

PCR CONVENTIONNELLE sur Thermocycleur TC-512 ® (Techne)

 96 puits

 Gradient de température






AUTOMATE D’ÉLECTROPHORÈSE QIAxcel Advanced ® (Qiagen)

 12 à 96 séparations par run (12 min - 1 heure)

 Logiciel de pilotage et d’analyse : QIAxcel Screen Gel ®