IPSIT

A la Une

Nadine BELZIC — 2021-03-12T14:53:46Z

Date du prochain séminaire des Lundis de l'IPSIT à venir

- Animation

Réservation

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:51:41Z

La réservation des instruments se fait en ligne après formation et attribution des accès par la plateforme.

Accès au système de réservation BookMyLab :
http://ipsittransprotcore.bookmylab.com

Localisation et Contacts

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:51:06Z

Contacts
ACTAGen :
Responsable technique Claudine Deloménie
01 8000 61 78 e-mail
Assistant-Ingénieur Pauline Tran
01 8000 65 30 e-mail
Référent scientifique Saadia Kerdine-Römer
e-mail
Référent scientifique François Fay
e-mail

Localisation
Faculté de Pharmacie
RDC Bâtiment Henri MOISSAN
17, Avenue des Sciences
91400 ORSAY

Personnel

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:50:28Z

*Plateforme Transcriptomique :

Claudine DELOMÉNIE
Ingénieur de recherche Inserm
Responsable équipe opérationnelle

Emy PONSARDIN
Assistant-Ingénieur IPSIT
Membre équipe opérationnelle

Saadia KERDINE-RÖMER
Professeur UPS
Référent scientifique

François FAY
Maître de Conférence UPS
Référent scientifique

Publications

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:49:52Z

1-2022 Tu L, Thuillet R, Perrot J, Ottaviani M, Ponsardin E, Kolkhof P, Humbert M, Viengchareun S, Lombès M, Guignabert C. Mineralocorticoid Receptor Antagonism by Finerenone Attenuates Established Pulmonary Hypertension in Rats. Hypertension 2022 79(10):2262-73. doi : 10.1161/HYPERTENSIONAHA.122.19207

2-2022 26-2022 Vallion R ; Hardonnière K ; Bouredji A ; Damiens MH ; Deloménie C ; Pallardy M ; Ferret PJ ; Kerdine-Römer S. The Inflammatory Response in Human Keratinocytes Exposed to Cinnamaldehyde Is Regulated by Nrf2. Antoxidants 2022 11:575. doi.org/10.3390/antiox11030575

3-2020 Gref R, Deloménie C, Maksimenko A, Gouadon E, Percoco G, Lati E, Desmaële D, Zouhiri F, Couvreur P. Vitamin C-squalene bioconjugate promotes epidermal thickening and collagen production in human skin. Sci Rep 2020 Oct 9 ;10(1):16883. doi : 10.1038/s41598-020-72704-1

4-2019 Malli S, Pomel S, Ayadi Y, Deloménie C, Da Costa A, Loiseau PM, Bouchemal K. Topically applied Chitosan-Coated Poly(isobutylcyanoacrylate) Nanoparticles are Active Against Cutaneous Leishmaniasis by Accelerating Lesion Healing and Reducing the Parasitic Load. ACS Appl Bio Mater 2019 262573-258 doi : 10.1021/acsabm.9b00263

5-2018 Alshaer W, Hillaireau H, Vergnaud J, Mura S, Deloménie C, Sauvage F, Ismail S, Fattal E. Aptamer-guided siRNA-loaded nanomedicines for systemic gene silencing in CD-44 expressing murine triple-negative breast cancer model. J Control Release. 2018 271:98-106. doi : 10.1016/j.jconrel.2017.12.022.

6-2017 El Ali Z, Deloménie C, Botton J, Pallardy M, Kerdine-Romer S. Dendritic cells' death induced by contact sensitizers is controlled by nrf2 and depends on the level of glutathione. Toxicol Appl Pharmacol. 2017 May 1 ;322:41-50. doi : 10.1016/j.taap.2017.02.014. Epub 2017 Feb 20

7-2016 Deloménie C, Grentzmann G, Oestreicher N, Mesnage R, Vélot C. A new custom microarray for global transcriptome profiling of the fungus Aspergillus nidulans. Current Genetics, 62(4):897-910. DOI : 10.1007/s00294-016-0597-z

Tarifs

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:49:07Z

Nous consulter.

- ACTAGen

Equipements

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:48:30Z

Sommaire

1-PREPARATION, QUALIFICATION ÉCHANTILLONS

LABORATOIRE D'EXTRACTION ARN et ADN

- Méthodes sur colonne

- Méthodes au phénol

SPECTROPHOTOMÈTRE NanoDrop 2000 ® (Thermofisher Scientific) :

Quantification et contrôle de pureté par mesure d'absorbance

Mesure sur le spectre UV-visible (190-1100 nm)

Lecture sur microvolumes (1-2 µl)

SPECTROPHOTOMÈTRE - FLUORIMÈTRE Xenius ® (Safas)

Quantification et contrôle de pureté par mesure d'absorbance et de fluorescence

Mesure sur le spectre UV-visible (240-1000 nm)

Lecture sur microvolumes (1-2 µl) avec la µDrop plate ®

Lecture en microplaques 96 puits

ÉLECTROPHORÈSE MICROFLUIDIQUE SUR PUCE : Bioanalyzer 2100 ® (Agilent Technologies) :

Contrôle d'intégrité de l'ARN

Profil de tailles moléculaires (ARN, ADN, protéines)

Détection en fluorescence (excitation 630 nm / détection 680 nm)

2-TRANSCRIPTOMIQUE

CHAINE EXPÉRIMENTALE MICROARRAYS AGILENT

Four à hybridation rotative G2545A Agilent

Rotor 4 à 20 rpm

Capacité 24 chambres d'hybridation

Scanner pour microarrays G2565CA Agilent

Accès mutualisé sur la plateforme @BRIDGE (Inrae, Jouy-en-Josas)

Lasers 532 et 633 nm

Résolution 3 µm

SÉQUENCAGE NGS

Préparation des librairies sur ACTAGen

Séquençage par plateforme extérieure

Analyse des données par ACTAGen et BIOINFO

3-EXPRESSION DE GENES CHOISIS

PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL :

Thermocycleurs de qPCR CFX96® et CFX384® (Bio-Rad)

2 instruments 96 puits et 1 instrument 384 puits

Gradient de température

6 canaux de détection :
5 couleurs pour sondes PCR et 1 canal FRET pour thermal shift de fluorescence (TSA, analyse de thermostabilité des protéines)

Automate de pipetage EpMotion 5073M® (Eppendorf)

3 têtes de pipetage : Mono 1-50 µl et 40-1000 µl - Multi X8 1-50 µl

Fonction Thermomixer pour extraction d'ADN ou ARN sur billes magnétiques

PCR DIGITALE :

Thermocycleur de PCR digitale QIAcuity One 5-plex® (Qiagen)

plaques 8, 24 ou 96 puits à 26000 (8, 24 puits) ou 8500 partitions (24, 96 puits)

5 canaux de détection

4-GÉNOTYPAGE

PCR CONVENTIONNELLE sur Thermocycleur TC-512 ® (Techne)

96 puits

Gradient de température

AUTOMATE D'ÉLECTROPHORÈSE QIAxcel Advanced ® (Qiagen)

12 à 96 séparations par run (12 min - 1 heure)

Logiciel de pilotage et d'analyse : QIAxcel Screen Gel ®

Prestations

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:47:36Z

Les activités de la plateforme sont dédiées principalement à l'analyse du transcriptome et de l'expression de gènes choisis par PCR quantitative. D'autres approches connexes sont réalisables également. Les prestations proposées par la plateforme sont décrites dans la plaquette, disponible ci-dessous.

plaquette-ACTAGen

La réalisation d'un projet est précédée d'une étude de faisabilité, lors de laquelle le responsable de la plateforme et le demandeur définissent les modalités expérimentales, pratiques et financières du projet. Les conditions de la collaboration avec la plateforme sont décrites dans la Charte.

1-Collaborations scientifiques :

Le porteur de projet délègue éventuellement un collaborateur qui vient réaliser les expérimentations sur la plateforme, après avoir été formé sur les protocoles et instruments. Un référent technique est identifié pour la formation pratique, et la plateforme fournit une formation théorique ainsi qu'un accompagnement au cours du projet.

Une fois formé, tout collaborateur peut venir utiliser de manière autonome les instruments et techniques suivants sur la plateforme ACTAGen :

Extraction d'acides nucléiques :
Qualification d'extraits ARN ou ADN : NanoDrop ; Xenius ; Bioanalyzer2100
PCR quantitative en temps réel : Thermocycleurs CFX96 et CFX384 ; pipeteur EpMotion5073M
PCR digitale : QIAcuity One 5-plex
Génotypage : Thermocyleur Techne ; automate d'électrophorèse QIAxcel

Les technologies suivantes sont assurées par la plateforme et ne sont pas réalisables en autonomie :
Préparation de librairies RNAseq :
Analyse sur microarrays Agilent :
Analyse de données transcriptomiques : Collaboration plateformes ACTAGEn - BIOINFO

Les conditions d'accès sont les suivantes :
Si vous avez un projet à réaliser, contactez le responsable d'ACTAGen.
Après la réunion de faisabilité, nous vous demanderons de signer la Charte et de remplir et signer la Fiche Projet pour permettre le démarrage de votre projet.

charte-ACTAGen

Vous recevrez une formation sur les instruments et techniques envisagés le cas échéant.
Vous ferez activer votre badge et réserverez les instruments sur le planning de réservation en ligne pour venir travailler sur la plateforme en autonomie.

2-Prestations de service :

Les technologies de la plateforme sont réalisables en prestation de service, dans une certaine mesure.

Les conditions d'accès sont les suivantes :
Si vous avez une demande de prestation, contactez le responsable d'ACTAGen.
La prestation pourra démarrer dès que vous aurez signé la Charte, rempli et signé la Fiche Projet, ou signé un contrat de prestation de service.

Personnel

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:40:28Z

Guillaume RUELLOU
Technicien de Recherche Université Paris-Saclay
Personnel technique Protéomique
guillaume.ruellou universite-paris-saclay.fr - e-mail
Tél : 01 8000 61 77

Myriam TAVERNA
Professeur Université Paris-Saclay
Référent scientifique
myriam.taverna universite-paris-saclay.fr - e-mail

Publications

Stéphane Louis — 2020-12-10T11:39:42Z

11-2020 Tri-Hanh-Dung Doan, Stéphanie Yen-Nicolaÿ, Marie-Françoise Bernet-Camard, Isabelle Martin-Verstraete, Séverine Péchiné . Impact of subinhibitory concentrations of metronidazole on proteome of Clostridioides difficile strains with different levels of susceptibility. Plos One. DOI : 10.1371/journal.pone.0241903

10-2020 Hélène Le Ribeuz, Florent Dumont, Guillaume Ruellou, Melanie Lambert, Thierry Balliau, Marceau Quatredeniers, Barbara Girerd, Sylvia Cohen-Kaminsky, Olaf Mercier, Stephanie Yen-Nicolaÿ, Marc Humbert, David Montani, Veronique Capuano, Fabrice Antigny. Proteomic Analysis of KCNK3 Loss of Expression Identified Dysregulated Pathways in Pulmonary Vascular Cells. Int. J. Mol. Sci. DOI : 10.3390/ijms21197400

12-2019 Arnaud Peramo, Anaëlle Dumas, Hynd Remita, Mireille Benoît, Stéphanie Yen-Nicolaÿ, Raphaël Corre, Ruy A. Louzada, Corinne Dupuy, Shannon Pecnard, Benoit Lambert, Jacques Young, Didier Desmaële, Patrick Couvreur. Selective modification of a native protein in a patient tissue homogenate using palladium nanoparticles. ChemComm. DOI : 10.1039/c9cc07803g

01-2017 Florence Poirier, Céline Boursier, Robin Mesnage, Nathalie Oestreicher, Valérie Nicolas, Christian Vélot. Proteomic analysis of the soil filamentous fungus Aspergillus nidulans exposed to a Roundup formulation at a dose causing no macroscopic effect : a functional study. Environ Sci Pollut Res. DOI 10.1007/s11356-017-0217-6

02-2017 Indira Mendez-David, Céline Boursier, Valérie Domergue, Romain Colle, Bruno Falissard, Emmanuelle Corruble, Alain M. Gardier, Jean-Philippe Guilloux and Denis J. David. Differential Peripheral Proteomic Biosignature of Fluoxetine Response in a Mouse Model of Anxiety/Depression. Frontiers in Cellular Neuroscience doi : 10.3389/fncel.2017.00237

03-2016 Ahmed Atto Al-Shuaeeb R., Kolodych S., Koniev O., Delacroix S., Erb S., Nicolaÿ S., Cintrat JC, Brion JD, Cianférani S., Alami M., Wagner A., and Messaoudi S. Palladium-Catalyzed Chemoselective and Biocompatible Functionalization of Cysteine-Containing Molecules at Room Temperature. Chem. Eur. J. 2016, 22, 11365-11370. doi : 10.1002/chem.201602277

04-2015 Yen-Nicolaÿ S, Boursier C, Rio M, Lefeber DJ, Pilon A, Seta N, Bruneel A. MALDI-TOF MS applied to apoC-III glycoforms of patients with congenital disorders affecting O-glycosylation. Comparison with two-dimensional electrophoresis. Proteomics Clin Appl. 2015 Jan 12. doi : 10.1002/prca.201400187