Université Paris-Sud Faculté de Pharmacie CNRS INSERM

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novembre 2022 | janvier 2023


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Equipements

 1-PREPARATION D’ ÉCHANTILLONS

IINFRASTRUCTURE POUR L’EXTRACTION D’ARN et D’ADN

- Méthodes sur colonne

- Méthodes au phénol

 2-QUALIFICATION D’ ÉCHANTILLONS

SPECTROPHOTOMÈTRE NanoDrop 2000 ® (Thermofisher Scientific) :


- Quantification et contrôle de pureté par mesure d’absorbance

- Mesure sur le spectre UV-visible (190-1100 nm)

- Lecture sur microvolumes (1-2 µl)








SPECTROPHOTOMÈTRE Biomate 3 ® (Thermofisher Scientific)


- Quantification et contrôle de pureté par mesure d’absorbance

- Mesure sur le spectre UV-visible (190-1100 nm)

- Lecture sur microvolumes (1-5 µl) avec TrayCell ® Hellma



SPECTROPHOTOMÈTRE - FLUORIMÈTRE Xenius ® (Safas)

- Quantification et contrôle de pureté par mesure d’absorbance et de fluorescence

- Mesure sur le spectre UV-visible (240-1000 nm)

- Lecture sur microvolumes (1-2 µl) avec la µDrop plate ®

- Lecture en microplaques 96 puits



ÉLECTROPHORÈSE MICROFLUIDIQUE SUR PUCE : Bioanalyzer 2100 ® (Agilent Technologies) :

- Contrôle d’intégrité de l’ARN

- Profil de tailles moléculaires (ARN, ADN, protéines)

- Détection en fluorescence (excitation 630 nm / détection 680 nm)






 3-ANALYSE TRANSCRIPTOMIQUE ET GÉNOMIQUE

CHAINE EXPÉRIMENTALE POUR MICROARRAYS (Agilent Technologies)

Four à hybridation rotative G2545A Agilent



- Rotor 4 à 20 rpm

- Capacité 24 chambres d’hybridation






Scanner pour microarrays G2565CA Agilent

- Accès mutualisé via la plateforme @BRIDGE (Inrae, Jouy-en-Josas)

- Lasers 532 et 633 nm

- Résolution 3 µm


Scanner Affymetrics® 428™


- Lasers 532 et 635 nm

- Filtres d’émission : 551, 570 et 665 nm

- Résolution 10 µm








SÉQUENCAGE NGS : Réalisation de projets en partenariat avec la Plateforme de Séquençage de l’I2BC
- Préparation des librairies et analyse des données à l’IPSIT



PCR QUANTITATIVE :

Thermocycleurs de qPCR CFX96® et CFX384® (Bio-Rad)

- 2 instruments 96 puits et 1 instrument 384 puits

- Gradient de température

- 6 canaux de détection :
5 couleurs pour sondes PCR et 1 canal FRET pour thermal shift de fluorescence (TSA, analyse de thermostabilité des protéines)

Automate de pipetage EpMotion 5073M® (Eppendorf)


- 3 têtes de pipetage : Mono 1-50 µl et 40-1000 µl - Multi X8 1-50 µl

- Fonction Thermomixer pour extraction d’ADN ou ARN sur billes magnétiques








PCR DIGITALE : Réalisation de projets en partenariat avec la Plateforme de Microgénomique @BRIDGe de l’Inrae

 4-GÉNOTYPAGE

PCR CONVENTIONNELLE sur Thermocycleur TC-512 ® (Techne)

- 96 puits

- Gradient de température






AUTOMATE D’ÉLECTROPHORÈSE QIAxcel Advanced ® (Qiagen)

- 12 à 96 séparations par run (12 min - 1 heure)

- Logiciel de pilotage et d’analyse : QIAxcel Screen Gel ®